山东农业大学档案馆是山东省特级档案馆，馆藏档案三个全宗共计九万余卷，包括党群、行政、教学、学生、科研、产品与开发、基本建设、仪器设备、出版、外事、财会、声像、实物、人物十四大类档案，总计排架九百余米。

山东农业大学全宗（1952-2018年）：包括山东农学院（1952-1983年）和山东农业大学（1983-2018年）形成的党群、行政、教学、学生、科研、产品与开发、基本建设、仪器设备、出版、外事、财会、声像、实物、人物十四大类档案。

山东水利专科学校全宗（1955-1999年）：包括党群、行政、基建、科研、财会、设备、出版、照片、实物、资料、其他等十一大门类档案。

山东省林业学校全宗（1952-1999年）：包括文书、教学、科研、基建、财会等五大门类档案。

档案馆库房面积1200余平方米。其中，一库主要保存党群、行政、教学、学生、科研、产品与开发、基本建设、仪器设备、出版、外事、财会、人物等十二门类档案；二库主要保存声像、实物、基建底图等档案；三库主要保存原山东水利专科学校和原山东省林业学校两个全宗的档案。

档案馆坚持以“服务”为核心，紧紧围绕学校中心工作与重点工作，积极为学校建设与发展提供档案信息服务。